在你的宠物学习了内丹之后，你就可以购买同种内丹对其进行升级了。这里你需要注意的是，想要升级宠物内丹，你首先需要让内丹领悟，而内丹的领悟有两种模式，一种是被动领悟，就是你所期望它领悟的宠物在完成日常和限时活动的时候，自己突然领悟。而主动领悟则是你自己要消耗300万人物经验或者200万银两或者3个资质丹/1本炼兽真经（具体根据宠物内丹等级而定）来进行领悟。另外，每天每个宠物的该内丹只能领悟一次。
内丹升级首先要让内丹处于领悟状态，然后再消耗同种内丹来提升内丹等级。其中低级内丹在从3级升级到4级时需要消耗2个同种内丹，而从4级升级到5级时需要消耗4个同种内丹，其他时候只要消耗1个同种内丹。而如果是高级内丹，不论从几级升上去，都只要消耗1个同种内丹，所以便宜的高级内丹升级到满级所需要的花费很有可能比价格较高的低级内丹来的更少。
内丹每升级一级，就会比初始属性额外增加0.25%的效果，也就是说，6级内丹（也就是共鸣后的内丹），内丹效果为1级内丹的225%，增益还是非常明显的。但是需要注意的是，如果你的内丹会带来一定的负面效果（比如降低了宠物的某个属性），那么这一效果也会随着内丹的升级而影响逐渐加强。所以在选择内丹时，尽量要在条件允许的情况下选择没有负面效果的内丹。
内丹升级系统是首个可以消耗玩家当前经验的系统，所以如果你没有打等级榜的需求，可以利用这一系统来减缓自己升级速度，使自己能够一直不被等级限制系统所左右。当然，如果你对经验比较重视，也可以选择其他途径来升级你的宠物内丹。
