因在马村工人村而取名马村区。
始建于1956年10月3日，同年12月建立人民委员会。1957年12月30日马村区、李封区同时改为郊区。1958年8月28日重设马村区，辖待王、安阳城、百建房、马村4个人民公社。1958年10月13日撤销马村区，建立马村区人民公社。1962年2月14日重新恢复马村区人民政府。1968年2月22日成立马村区革命委员会。1980年9月撤销马村区革命委员会，建立马村区人民政府。1985年马村区下辖6个办事处，即马村办事处、百间房办事处、北山办事处、九里山办事处、冯营办事处和待王办事处，共有38个居委会、118个居民小组，分别散布在10个居民区内，即马村工人村、耐一家属院、北山工人村、田门工人村、李庄工人村、冯营工人村、九里山矿居民区、九里山工人村、演马工人村和待王车站家属院。1988年10月12日，焦作市城区区划调整，将焦作市郊区的安阳城、九里山两个乡和待王镇划归马村区管辖，实行区带乡新体制。
2000年，马村区辖4个街道、1个镇、2个乡。根据第五次人口普查数据，全区总人口128842人，其中：马村街道24164人、北山街道3866人、冯营街道12053人、九里山街道8891人、待王镇33182人、安阳城乡23396人、九里山乡23290人。
?年，马村区辖4个街道、1个镇、2个乡，14个社区居委会、64个行政村：马村街道、九里山街道、冯营街道、北山街道、待王镇、安阳城乡、九里山乡。
2005年，马村区乡镇区划调整：撤销待王镇，设立待王街道办事处，管辖原待王镇行政区域，办事处驻待王村;撤销安阳城乡，设立安阳城街道办事处，管辖原安阳城乡行政区域，办事处驻前岳村;撤销九里山乡，设立演马街道办事处，管辖原九里山乡行政区域，办事处驻安阳城村。截至2005年12月31日，马村区辖7个街道：马村街道、北山街道、九里山街道、冯营街道、待王街道(新增)、安阳城街道(新增)、演马街道(新增)。
