准噶尔汗国和莫卧儿帝国两者之间没有任何关系。
准噶尔汗国（：是准噶尔部（卫拉特蒙古的一支）的首领噶尔丹1676年打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗之后、把松散的联盟体制步步改变为集权的政权体制、把准噶尔首领的台吉地位上升为汗王地位、于1678年正式建立的一个汗国。因为1635年卫拉特盟主固始汗遣使归顺后金（清朝）、及1646年卫拉特各部首领联名归顺清朝，所以它也改变了卫拉特与清朝的主从关系，史籍说噶尔丹对抗清朝是叛乱。
1670年，准噶尔首领巴图尔珲台吉的儿子僧格被杀后，他的异母弟噶尔丹夺得了准噶尔部的台吉位（低于汗位）。
1676年噶尔丹打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗，把松散的联盟步步改变为垄断权力的汗国。
1678年，噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国。1688年，噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠北喀尔喀蒙古进攻，康熙帝组织左右两路大军亲征，噶尔丹溃逃。
噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，与清朝再次发生冲突。1716年，准噶尔部出兵西藏，占领拉萨。1718年，清朝由青海出兵入藏，全军覆没。1720年，清朝第二次出兵，赶走准噶尔军。
1755年，清朝乾隆皇帝趁准噶尔内乱之机出兵进占伊犁、击溃达瓦齐军，并于1757年平定阿睦尔撒纳的叛乱，1760年冬天，准噶尔汗国灭亡。
1757年，清军平定阿睦尔撒纳的叛乱，完全控制卫拉特区域，准噶尔汗国灭亡。
莫卧儿帝国（1526年－1857年），是突厥化的蒙古人 帖木儿的后裔巴布尔在印度建立的封建专制王朝。在帝国的全盛时期，领土几乎囊括整个南亚次大陆以及阿富汗等地。莫卧儿帝国上层建筑是穆斯林，而基础则是印度教，波斯语是宫廷、公众事务、外交、文学和上流社会的语言。
帖木儿帝国崩溃后，其皇室后裔巴布尔率军入侵南亚次大陆建立莫卧儿帝国，帝国在其子胡马雍时期曾一度衰落，后在第三代皇帝阿克巴时期进入全盛时期，这一时期莫卧儿帝国内部实行文化融合和宗教宽容政策，但这一政策在第四代皇帝贾汗吉尔时期因叛乱而被抛弃。到了第五代皇帝沙贾汗时，莫卧儿帝国空前强大，但由于沙贾汗大兴土木和赋税繁重而发生内部纠纷，1657年沙贾汗被其子奥朗则布推翻。奥朗则布时期的莫卧儿帝国领土达到最庞大的时候，但沙贾汗时期遗留下来的一系列问题导致莫卧儿帝国衰落。
莫卧儿帝国衰落后，大英帝国、法兰西殖民帝国、荷兰殖民帝国和葡萄牙殖民帝国等殖民帝国在印度争夺殖民地，最终英国胜利，使莫卧儿皇帝成为傀儡。1858年，英国的维多利亚女王被授予印度女皇称号，成立英属印度，莫卧儿王朝灭亡。
