长州藩和萨摩藩为什么会有这么深的仇恨

主要是长州从头至尾致力于以武力攘夷，比较热血，幻想着用武力就能解决外国人经济侵略。

而萨州则是随大局而动，非常注重本藩利益，也由于萨州藩主岛津齐彬早期也有攘夷的意思，但是通过和英国人战斗失败，知道单凭武力不可能战胜外国，所以大力发展实业，兵工厂，机器工厂什么的，在当时幕府一桥庆喜掌权，大形势下武力攘夷已经失去市场，长州发动政变失败，所以萨州立场偏向幕府，参加了对长州的镇压（禁门之变，可以查百科），也就接下了不共戴天的梁子。

最后幸亏坂本龙马撮合2家和好，打下了明治维新的基础