柯南哪一集知道水无怜奈的真实身份的

柯南在第500集彻底确认了水无怜奈真实身份是CIA特工。

最初柯南偶然发现水无怜奈是组织成员，经历了一系列波折FBI抓捕到了水无怜奈。而之后，柯南经过调查以及观察本堂瑛佑的行为，发现了水无怜奈的父亲是CIA而水无怜奈也是CIA。在第500集中，本堂瑛佑找到了水无怜奈，这时候水无怜奈不得不承认自己真实身份是CIA特工。