在巫妖大战时,妖族的东皇太一和帝俊也参与了大战;巫族虽然只剩十位祖巫了,但仍然拉上了另外两位实力最强的大巫,勉强布出了残缺版的十二天神煞大阵,这是双方的终极大战;但是就在十位祖巫被困于混元河洛大阵时,妖师鲲鹏临阵脱逃,而且还偷走了河图洛书;帝俊措不及防之下被众祖巫联手所杀。
东皇太一独战对方九位祖巫(帝江被人族联手所杀);东皇太一祭出东皇钟,以无上法力杀了其中八位祖巫,但东皇太一自身也是伤痕累累,实力大损;而巫族这一方剩下的是最强的玄冥,玄冥见取胜无望,万念俱灰之下自爆元神,与东皇太一双双陨落。
至此,由于双方的顶层皆战死,故而没有胜利者;巫妖两族元气大损,人族强势崛起,成为天地主角。其实,如果不是妖师鲲鹏临阵脱逃,并偷走河图洛书的话,说不定十位祖巫还被困在阵中,那这次大战的结局,就说不准了。