在关都地区真新镇生活的主人公小智,自大木博士处获得了皮卡丘、宝可梦球和宝可梦图鉴,以宝可梦大师为目标踏上了冒险之旅。经历深灰道馆、枯叶道馆等激烈的道馆赛,与所到之处的宝可梦们邂逅。小智自真新镇出发,前往橘子群岛。以橘子联盟最为突出,呈现的是从未有过的新鲜的宝可梦战斗场面,此外还有和新同伴小建的相遇,宝可梦的不可思议的进化,三打对战,四天王的登场,小茂为首的劲敌们的再度登场,种种精彩。
前一系列之后,受欢迎的橘子群岛篇中,宝可梦的世界已然延展。舞台转移到了城都地区,小智踏上新的旅程,来到了若叶镇的空木博士处。以熟悉的菊草叶、小锯鳄、火球鼠为首,咕咕、美丽花、幸福蛋和太阳珊瑚等等宝可梦和新伙伴陆续登场。各种各样的道馆和欢乐的宝可梦华丽大赛的场景也囊括其中。