创建于隋代,屡兴屡废,且数易其名,清初重建为行宫。相传高旻寺创建于隋代,屡兴屡废,清初重建为行宫。顺治八年(1651),两河总督吴惟华于三汊河岸筹建七级浮屠,以纾缓水患,名曰“天中塔”。(1654)秋塔成,复于塔左营建梵宇三进,是为“塔庙”。康熙帝于三十八年(1699)三次南巡莅扬,见天中塔倾圮,欲颁内帑修葺,为皇太后祈福。江宁织造曹寅、苏州织造李煦倡两淮盐捐资报效,大加修缮并扩建塔庙。四十三年(1703)康熙帝四次南巡,曾登临寺内天中塔,极顶四眺,有高入天际之感,故书额赐名为“高旻寺”。次年又御制《高旻寺碑记》,颁赐内宫药师如来脱沙泥金宝像,寺内建金佛殿及御碑亭供奉。其后曹寅等于寺西创建行宫,十分规模数倍于寺。
康熙五、六次南巡,乾隆首次南巡,均曾驻跸于此。