在家呆了一段时间,格列佛又随"好望号"出海。这一次,格列佛所乘的船遭贼船劫持,格列佛侥幸逃脱,被一座叫"勒皮他"的飞岛救起。这些人的相貌异常,衣饰古怪,整天沉思默想。国王和贵族都住在飞岛上,老百姓则住在巴尔尼巴比等三座海岛上。
格列佛离开飞岛后,来到巴尔尼巴比进行访问,并参观了岛上的"拉格多科学院"。这所科学院研究的部是些荒诞不经的课题,结果造成全国遍地荒凉,房屋坍塌,人民无衣无食。接着,格列佛来到巫人岛。
岛上的总督精通魔法,能随意召唤任何鬼魂,格列佛因此会见了古代的许多名人,结果发现史书上的记载很多不符合史实,甚至是非颠倒。尔 后,格列佛又游览了拉格耐格王国,见到一种长生不老人"斯特鲁布鲁格"。离开该国后,格列佛来到日本,然后乘船回到英国。