14岁的少女苏菲某天放学回家，收到了神秘的一封信——“你是谁？世界从哪里来？”与此同时，她收到一张古怪的明信片，上面的收件人是“请苏菲转交给席德”，邮戳来自黎巴嫩。
从这一天开始，苏菲不断接到一些极不寻常的来信，世界像谜团一般在她眼底展开。
她运用少女天生的悟性与后天知识，企图解开这些谜团。然而，魔镜、少校的小屋、黎巴嫩寄来给席德的明信片、会说话的汉密士、叫她席德的艾伯特、写着生日祝福的香蕉皮、现实中出现的梦中的金十字架、捡到的10元硬币……接踵而至的奇闻怪事让苏菲一步步走下去。事实真相远比她所想的更怪异、更离奇……
在一位神秘导师艾伯特·诺克斯的指引下，苏菲开始思索从古希腊到康德，从祁克果到弗洛伊德等各位大师所思考的根本问题。
莫名其妙的函授课程持续进行着，联络方式也一变再变，痛苦愤怒的艾伯特·诺克斯终于出现在她的面前，并开始教她哲学史。他用浅显易懂的笔触带着苏菲回顾从先苏期的希腊直到尚·保罗·沙特时代的哲学发展。同时，“席德”的名字不断在她身边以不可思议的方式频繁出现。
而后，席德出现了，原来苏菲这个人物，只是在黎巴嫩联合国部队工作的挪威少校艾伯特·纳格为庆祝女儿席德生日而虚构出来的人物，把她的故事编写成一个富有哲学趣味的故事当作女儿的生日礼物。
不可思议的是，在艾伯特·诺克斯的提示下，苏菲渐渐意识到自己只是书中的一个角色，是艾伯特少校意识的一部分，在忠实地完成自己主角的任务之余，他们开始了对上帝(艾伯特少校)的抗争。在他们的努力下，书中世界渐渐扭曲了，变得古怪而难以驾驭。
最终，艾伯特·诺克斯和苏菲莫名地逃出了书中世界，来到了席德所在的世界。
