(一)界定问题。进行系统分析首先要明确问题的性质，界定问题的范围。通常，问题是一定的外部环境作用和系统内部发展的需要中产生的，这不可避免地带有一定的本质属性并限定了其存在范围。只有明确了问题的性质范围后，系统分析才能有可靠的起点。其次，还要研究问题要素、要素间的相互关系以及环境的关系等，把问题界定进一步划清。
(二)确定目标。为了解决问题，要确定出具体的目标。目标通过某些指标来表达，而标准则是衡量目标达到的尺度。系统分析是针对所提出的具体目标而展开的，由于实现系统功能的目的靠多方面因素来保证的，因此系统也必然有若干个。如物流系统的目标包括物料费用、服务水平，即以低的物料费用获得好的服务水平，以确保物流系统整体效益最大。总目标是通过各子系统的功能活动来实现的。在多目标情况下，要考虑各项目标的协调，注意目标的整体性、可行性和经济性。
(三)提出方案。建立模型或拟订方案，都必须有资料作为依据，方案的可行性论证更需要有精确可靠的数据，为系统分析做好准备。收集资料通常借助于调查、实验、观察、记录以及引用国内外资料等方式。
(四)建立模型。所谓建立模型就是找出说明系统功能的主要因素及相互关系。通过模型的建立，可确认影响系统功能和目标的主要因素及其影响程度；确信这些因素的相关程度、总目标和分标的实现途径及其约束条件。
(五)系统的最优化。系统的最优化是运用最优化的理念和方法，对若干可行方案的模型进行仿真和优化计算，求出各个方案下的最优解。
(六)新方案的确定。在新目标确定的基础上，又要进行新一轮物流系统的分析。正是这种循环，使物流系统的功能不断完善，使其与环境适应，与企业整体发展的方向相适应。
