有效有益微生物肥料是利用微生物的生命活力,将水中的有机质分解为简单的无机物质,使水体得到净化,改良了水质(另一方面通过微生物的氧化分解作用,使水中溶解性物质透过细胞壁,在胞内酶的催化作用下 ,迅速完成氧化,合成一系列生化反应,把吸附在细胞壁周围的固形物质转化为可溶性物质,再渗入细胞内,由细胞内酶进行生化反应,并放出能量。
而另一部分有机质则转化为营养物质,可供浮游生物生长发育,所以又可增加水体中水生物量,使沪食性的鱼类如（花、白鲢） 有了充足的可 口饵料。
同样,由于水生生物量的增加,特别是浮游植物的增加,为水体进行光合作用,制造氧气提供了物质基础。
所以,施用生物有机肥能保持较高的饵料生物量,肥效 和水体溶氧量。
有益微生物肥的施入、增加了水体中有益微生物生物菌群,抑止了不良菌种的繁衍,使鱼不易发病 ,生物菌的诱食性还增强了鱼的摄食能力,提高了鱼产量。
这是因为,一方面是水体中有益微生物增多,水体环境改善了 ,使鱼生活在一个良好的水体中有关,另一方面它们吃了饲料中添加的有益微生物菌群饲料中的光合细菌,它能释放 出具有抗病的酵素,胰蛋白分解酵素,这些有益微生物菌群进入鱼体肠道后,可抑制肠道内病原微生物的繁殖,使鱼不易生病,而且还有助于鱼的消化吸收,增强其摄食能力和抗病能力,所以鱼就生长的快,生长的壮,而且还不生病。
