被佩恩一众（长门）杀死。
为了调查晓组织的情报，独自一人潜入雨忍村，后遭遇佩恩一众，经过一场大战，因死之前没有完全掌握佩恩一众能力，导致体力和查克拉耗尽。最后被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作则成功逃回木叶。但之后的第四次忍界大战中，药师兜一直没能找到自来也和宇智波止水的尸体，所以没有被秽土转生复活。
角色经历——
1、自来也与大蛇丸、纲手为木叶隐忍者学校的同期学员。被分配到三代目火影猿飞日斩所带领的班级。
2、但自来也另寻其路，在阴差阳错地穿越到妙木山后拜见了大蛤蟆仙人，从此开始在妙木山修行，通过自己坚持不懈的努力，自来也学会了一系列极强的忍术，其中包括仙术。
3、在第二次忍界大战中，纲手与自来也、大蛇丸联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。其他木叶忍者死伤过半，只有他们三人能支持到最后，半藏因此赋予他们“木叶三忍”的称号。
4、随后雨隐村的一次任务中，他们三人偶遇三名雨隐村的孤儿，分别是弥彦、小南和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护而存活了下来，更得到自来也传授忍术。
后来弥彦已死，长门和小南联手阿飞创建晓组织，最后杀死潜入雨忍村的自来也。自来也也是弥彦、小南和长门的老师
