可以在缸里倒入除藻剂进行除藻，能快速的去除鱼缸内的绿藻，但除藻剂中含有大量的化学物质，不利于鱼儿的身体健康，使用时可将除藻剂稀释后再使用。
另外可以考虑在鱼缸内饲养几条清洁鱼来进行除藻，比如清道夫、胡子鱼、琵琶鼠等鱼类，都有较好的除藻效果。
以下提供几个常用的方法来去除过多的藻：
物理清除法：
简单的说就是拿刷子刷，水族店什么都有卖，同时并用换水，效果显著。缺点是不彻底，有些角落不易清除。
化学清除法：
使用除藻剂。优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。
生物清除法：
使用除藻动物来控制藻类的数量，效果为三种中所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。以下介绍几种常用的除藻生物。
1.笠螺：除藻动物首推笠螺，功能大概跟磁铁刷差不多强大。纵横鱼缸，天下无敌，连外挂过滤进水口都可以爬进去清。耐药性耐盐性极低，但因其除藻能力超强，仍居除藻生物首位。
2.苹果螺：除藻能力弱，且便便极多，但优点是容易繁殖，可以数量取胜，价格：随便网路上要都有。
3.清苔鼠、黄金清苔鼠：吸壁鱼类的一种，为清藻鱼类中第二大的，可长到10~15cm长，且经过多位鱼友证实，只要有饲料餵的够多，清苔鼠会去抢食饲料，而且久了之后会有惯性，从此只会等饲料，不会清藻类，所以并不建议使用清苔鼠。
4.黑壳虾：除藻功能普通，推荐使用於草缸处理腐败之叶片，对於小细缝及叶片上的藻类有意想不到的功能，能在水族箱中繁衍，但有带菌的问题。
5.大和藻虾：除藻功能与黑壳虾差不多，体型较黑壳虾大只。
