《海底两万里》每篇的主要内容如下：
1. 飞逝的巨礁：描述的是1866年，海上发现一只被断定为独角鲸的大怪物，他参与追捕，在船遭到严重破坏的时候逃脱，并开始他一系列奇异之旅。
2. 赞成与反对：是尼摩船长和他的随从惨杀十多人之后进行的海底探险，以海洋为中心，探索了太平洋、印度洋、红海、地中海等七大洋，描绘了奇幻美妙的海底世界。
3. 尼摩船长的越狱：尼摩船长带我们参观海底的奇异景象，最后他不想再做俘虏，发送疯船神秘沉没。
4. 一颗价值千万的珍珠：他驾驶着“林肯号”追击海怪，遇到一位正好被扔在船甲板上的小保姆——一个10岁的小女孩，把她当作自己女儿般照料。
5. 阿拉伯海底隧道：发现海底地道，参观了珍珠市场，最终发现海底地道。
6. 片甲不留：潜艇来到南极，突然被冰山所包围，准备到北极去，突然遭到大章鱼的袭击。
7. 遭遇北冰洋大风暴：尼摩船长把潜水艇开到暴风雨中，与狂风暴雨搏斗了一番，终将暴风雨击败。
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《海底两万里》各章故事梗概:
1.飞逝的巨礁：1866年，人们在海洋里发现一个庞然大物，就像飞逝的巨礁，多艘航船莫名其妙地被撞裂了。公众坚决要求把这头怪物清除掉。
2.赞成与反对：对怪物主要有两派看法，一派认为这是一种力大无穷的怪物，另一派则认为是一艘动力强大的“海下船”。我（法国巴黎自然史博物馆教授阿罗纳克斯）认为，怪物是一种力量大得惊人的“独角鲸”。美国海军部组织了一艘名为亚伯拉罕.林肯号的快速驱逐舰，准备去清除“怪物”。我应邀随行。
3.随先生尊便：我的仆人孔塞伊不假思索地说：“随先生尊便。”跟我一同登上驱逐舰。驱逐舰从布鲁克林码头扬帆起锚，向大西洋全速前进。
4.尼德兰：舰长和全体海员同仇敌忾，决心捕获独角鲸。只有加拿大捕鲸手尼德兰对独角鲸的存在表示怀疑。
5.向冒险迎去：舰只在太平洋上游弋。大家努力观察海面，但三个月过去了，没有任何线索，海员们开始泄气，甚至怀疑自己这次搜寻行动的意义。半年后，海员们要求返航。舰长许诺最后搜寻三天，到时如果还无结果就回去。规定期限的最后时刻，一向无动于衷的内德·兰德突然喊叫起来，因为他发现了怪物。
6.全速前进：林肯号企图捕获独角鲸，而独角鲸却若无其事地同林肯号捉迷藏。经过一夜一天的追逐周旋，双方形成对峙。当林肯号向独角鲸发起进攻时，独角鲸却突然熄灭电光，向林肯号喷射大水。林肯号遭遇了灭顶之灾。
7.不知其种属的鲸鱼：我被抛入海里，与孔塞伊在海中相依为命。正当筋疲力尽就要沉入海底时，被躲在独角鲸背上的内德.兰德拉出水面。内德说，这怪物不是鲸，是钢制的。我这才断定它是一艘潜水艇。我们在艇顶苟延残喘。天亮时，艇盖掀开，八个壮汉出来，把我们拖进艇里去。
8.动中之动：我们三人被关进一间黑屋子。半小时后，突然眼前一亮，进来两个人。我们用法语、英语、德语和拉丁文进行自我介绍，对方均无反应。他们走后，侍者送来食物，我们饱餐后进入梦乡。
9.尼德兰的怒火：潜水艇浮出海面更换新鲜的空气。三人仍被关在铁屋子里，内德怒气冲天，他既想逃跑，又想夺取潜水艇。一个侍者走进来，却被他出其不意地打倒在地掐得半死。这时一个人突然出现了，他说的是法语。
10.海洋人：讲法语的人就是鹦鹉螺号潜水艇上的尼摩（意为“不存在的人”）艇长。他说第一次见面保持沉默是为了了解我们，其实那四种语言他都能听懂。他要我们听从他的命令，否则将置我们于死地。尼摩艇长说，他们的衣食用都取自海洋，他热爱海洋，因为海洋中没有争斗、厮杀和独裁。
11.鹦鹉螺号：尼摩艇长带我们参观“鹦鹉螺号”的图书室，这里有一万两千册藏书；给我抽用海带制成的雪茄，观赏他收集的标本，又参观了他为我准备的雅致房间，和他自己住的简陋房间。
12.一切都用电：尼摩艇长给我们介绍房间里各种仪表的用途，如何开采海底矿藏，如何发电，如何提供空气，又介绍了一只小艇的用途，还带我参观了厨房。
13.几组数字：尼摩艇长向我介绍潜水艇的概况、构造、动力、发光、建造过程等。
14.黑潮：海底探险旅行正式开始。潜艇在海面以下五十米深处穿越黑水流。我和两位同伴尽情观赏形态美丽、活泼可爱的鱼儿。
15.一封邀请信：尼摩艇长给我一封邀请信，请我到海底森林打猎。
16.漫步海底平原：我和孔塞伊穿上防水衣服随尼摩艇长漫步海底平原，欣赏海洋奇异生物。
17.海底森林：我们来到海底森林，仔细观察海底生物，还在海底睡了几个小时。来到克雷斯波岛的海底绝壁，遇到巨形海蜘蛛，打到一只海獭，躲过了角鲨的侵袭。
18.太平洋下四千米：潜艇在太平洋下穿行，令人大开眼界。有一天看到一条沉船，凄惨的海难情景令人惊悚。
19.瓦尼可罗群岛：尼摩艇长从瓦尼可罗群岛海底遗物中，揭开了十八世纪末两艘法国探险船只失踪的真相。
20.托雷斯海峡：潜艇经由地球上最危险的海峡——托雷斯海峡前往印度洋，中途触礁搁浅。经艇长同意，我和两位同伴乘小艇去格波罗阿尔岛。
21.陆上几日：我和两位伙伴一起上小岛采摘野果、狩猎，捉到一只被豆蔻汁给迷醉的极乐鸟。
22.尼摩艇长的闪电：土著的巴布亚人发现了我们，他们追赶到沙滩，划来独木舟围住鹦鹉螺号，企图向我们发起进攻。尼摩艇长将电通到艇外壳，土著人触电后吓得魂飞魄散退走了。鹦鹉螺号被涨起来的海潮托起，离开了珊瑚石床，时间正如艇长所预料的分毫不差。
23.强制性睡眠：潜艇在印度洋行驶。尼摩艇长对不同深度的海水温度进行测量，发现水下一千米以下的海水是恒温的。我们目睹了有趣的一幕：海面上磷光闪烁，把大海照得如同白昼，原来是一些小水母球发光造成的。有一天，尼摩艇长突然下令将我们关起来，并强制我们睡眠。
24.珊瑚王国：第二天，艇长带我们来到五彩缤纷的珊瑚王国，把一位因伤而死的艇员安葬在珊瑚墓园里。
25.印度洋：鹦鹉螺号在印度洋穿行，我们看到了基灵岛，看到了“船蛸”，在孟加拉湾漂浮着无数的尸体，还看到了一望无垠的“牛奶海”。
26.尼摩艇长的新建议：艇长给我们介绍原始的采珠法，采珠人悲惨的生活，建议我们参观锡兰岛的采珠场。
27.一颗价值千万的珍珠：艇长带我们观看一颗大如椰子的珍珠。一个采珠人正辛苦地采珠，突然一头大鲨鱼向他发起进攻，艇长舍身相救，与巨鲨展开殊死搏斗。正当艇长危在旦夕时，内德.兰德一叉刺中鲨鱼要害。艇长把采珠人救到小船上，并赠送一袋小珍珠。
28.红海：鹦鹉螺号在红海上劈波斩浪。尼摩艇长跟我介绍红海得名的原因和他发现从红海通往地中海的地下通道“阿拉伯隧道”的经过。
29.阿拉伯隧道：尼德兰在红海上用捕鲸叉勇敢地击杀庞大的儒艮。尼摩艇长亲自指挥，潜水艇顺利穿过苏伊士地峡。
30.希腊群岛：尼摩艇长把大量黄金赠送给一个潜水员。鹦鹉螺号来到桑多林岛附近，我目睹了海底火山喷发的壮观奇景。
31.地中海上的四十八小时：鹦鹉螺号在地中海底穿行，我看到许多遇难船只的残骸静卧在那里，惨不忍睹。
32.维哥湾：潜艇正沿着葡萄牙海岸行驶，内德·兰德做好了潜逃的准备，敦促我逃跑，我内心充满矛盾和不安。潜艇在维哥湾停了下来，艇长给我讲述1702年西班牙船只被英国海军战败沉没的历史，他命令艇员潜水搬取当年沉船上数不尽的金银珍宝。
33.失踪的大陆：潜艇背向欧洲驶去，离大陆越来越远，我们失去了一次逃跑的机会。尼摩艇长带我在夜间到三百米深的大西洋底去参观柏拉图笔下的大西洋城——亚特兰蒂斯。
34.海底煤矿：潜艇来到一个已经熄灭了的火山中心取燃料，我和同伴出去游览了一通。
35.马尾藻海：潜艇来到马尾藻海。下潜到海底一万六千米的深度竟安然无恙。
36.抹香鲸和长须鲸：鹦鹉螺号驶向南大西洋海域，海面上出现了一群长须鲸，捕鲸手内德.兰德向艇长请求去捕杀，被艇长劝阻。艇长说，人类不应该滥杀这种善良无害的动物。不一会儿，来了一大群长须鲸的天敌——抹香鲸，鹦鹉螺号为了保护长须鲸狠狠地冲杀抹香鲸。
37.大冰盖：鹦鹉螺号开往终年积雪结冰的南极圈，冲撞大冰盖，浮出水面。
38.南极：我和尼摩艇长登上南极大陆，观察到南极特有的美丽景观。
39.大事故还是小插曲：潜艇在驶离南极时，被一大块倒下来的冰块砸到了，潜艇一时找不到出路，陷入困境。
40.缺氧：潜艇四周都围着厚厚的冰墙。艇长镇定自若地指挥大家轮班开凿冰墙，喷射开水阻止新的结冰。艇内极度缺氧，但秩序井然。经过共同努力，潜艇终于冲出冰墙，冲破冰原，呼吸到了新鲜的空气。
41.从合恩角到亚马逊河：潜艇从大西洋往北，沿着南美洲的曲折海岸行驶，在亚马逊河口，我们用印颈鱼作饵来钓海龟。
42.章鱼：潜艇来到留卡斯群岛附近，突然围上一群大章鱼。章鱼缠住螺旋桨，潜艇动弹不得。在艇顶平台上，人和章鱼展开了激烈的搏斗。在生死关头，尼摩艇长挺身而出救下了处于死亡边沿的内德·兰德。
43.墨西哥湾暖流：尼摩艇长为在人鱼大战中牺牲的艇员而哀伤。鹦鹉螺号继续向北，航行在墨西哥湾暖流上。艇长将自己的研究总结用几种不同的语言写成，签上名字，装进一只容器中扔进大海，希望能为人类所得。我向他提出离开潜艇的要求遭到拒绝。暴风雨来临，艇长站在艇顶迎接风浪，岿然不动。
44.北纬47°24′，西经17°28′：尼摩艇长潜入海底凭吊英勇不屈的复仇者号。
45.大屠杀：一艘战舰向潜艇发起攻击，经过几番周旋，潜艇将战舰撞沉，艇长获得了一份复仇的快感。
46.尼摩艇长最后的话：我逃离潜艇前听到他正在静静地忏悔；我们三人利用附在潜艇上的小艇逃跑，可恰在此时，潜艇被卷入了大旋流中，我们的小艇也难逃厄运。
47.尾声：我和两个同伴被罗佛丹群岛的渔民救起。尼摩艇长及其鹦鹉螺号一起下落不明。
以上是全书47章的故事梗概。
