木瓜蛋白酶会分解牛乳酪蛋白胶束表面的κ—酪蛋白，而κ—酪蛋白是保证牛乳蛋白在牛乳中形成乳状液的。
当κ—酪蛋白被分解后，露出里面不溶于水的α—酪蛋白（疏水），α—酪蛋白之间通过牛乳中存在的钙离子结合使得牛奶发生沉淀而凝固。
另外：加热；牛奶中的乳脂、蛋白质遇木瓜中的木瓜酚、苹果酸、柠檬酸等物质都可能会凝固的。
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