区别如下：
1. 遗失：指持有人不慎将港澳通行证丢失或被盗，无法使用。
2. 补发：指港澳通行证因为过期、损坏或者个人信息变更等原因需要重新办理的情况。
在具体操作上，遗失和补发的流程略有不同：
1. 港澳通行证遗失申请：
持有人应第一时间向当地公安机关报案，并提供相关证明材料。然后，根据户籍所在地的要求，前往当地公安机关办理港澳通行证遗失补办手续，需要填写申请表、提供个人身份证明和报案证明等材料。
2. 港澳通行证补发申请：
持有人需要提供有效的个人身份证明、原港澳通行证（如有）、证件照片等材料。然后，前往户籍所在地的公安机关或者出入境管理部门，填写申请表，进行补发手续。
总的来说，港澳通行证遗失和补发的区别在于申请原因和所需材料有所不同，但都需要前往当地公安机关或出入境管理部门办理手续。
是遗失需要到公安机关申报丢失并重新申请办理，而补发则是在原证件的有效期内遗失或损坏，持相关证明前往原办证地补办即可；补发过程更为简便。
此外，补发需要缴纳一定的费用，而遗失重新申请则需要重新缴纳全部办证费用。
值得一提的是，无论是遗失还是补发都需要提供相应的材料和身份证明来证明申请人的身份以及证件的丢失或损坏情况。
不同情况下的证件遗失和补发，其具体办理方式和需要的申请材料可能会有所不同，因此在申请前需仔细了解相关规定并提前准备好所需材料，以免耽误行程或造成不必要的麻烦和损失。
此外，在持有港澳通行证时，应当妥善保管，避免遗失或损坏，以免对自己的出行造成不便和影响。
