人们对转基因大豆的危害，主要来自两方面的忧虑：一是对人体健康的影响，二是对环境的影响。
转基因大豆对人体健康可能的影响有：
1.转基因大豆的毒性，包括大豆本身有毒和转基因片段对人体潜在未知的负面影响。
2.转基因大豆油的组成与非基转因大豆油的组成可能不同，而这种不同造成了对人体的危害。
3. 草甘膦除草剂残留对人体的危害。
实际上这三类影响，人们最忧虑的是转基因大豆潜在未知的负面影响。
转基因大豆就目前来看，本身不可能有很明显的毒性，如果有的话，早就被人抵制了，不可能大规模种植。而基因片段，就目前所知不太可能残害人体，要不然，我们吃猪肉、狗肉，这些动物的基因早就影响人类了。
转基因大豆油的主要成分与传统大豆油一样，都是甘油三脂，除非转基因大豆油的分子空间结构不一样，比如说转基因大豆油的反式脂肪酸含量高等，但是目前还没有这样的报道，而且反转人士好像根本不注意转基因大豆油毒性到底原因何在的问题，只要说转基因大豆油有毒就行了。
对于除草剂的残留问题，我认为这是农药残留的问题。如果标准高执行严，这种问题就不算问题，如果像某大国一样的管理水平，不管什么农药残留都一样有害，不单是转基因食品一个的问题。
而转基因大豆对环境的危胁主要表现在两方面，一是对非转基因大豆物种的危害，一是对种植环境的危害。
