一般建议从残花下第一对叶片处修剪，保留鲜活的茎秆和叶片，让它通过光合作用，持续给种球制造养分。如果连同茎秆和叶片一起剪掉，会使种球失去保护，造成养分的大量流失，而使种球越来越小，难以恢复。
修剪以后，需要继续给植株晒太阳，促进茎秆和叶片通过光合作用保养种球，并在后期将养分回流给种球。
一、生长期修剪
百合花在生长期要合理修剪，当株型生长过高时，可及时打顶，去掉枝条顶端过长的部分，能抑制生长优势，控制住生长高度，能促使分枝萌发，促使株型丰满。百合植株上过长的枝条，可剪短10-20公分左右。在生长阶段发现病枝、枯枝、瘦枝、黄枝要及时剪除掉，还需疏除掉过密的枝叶，增加透光性和透风性，能利于后期生长发育。
二、花后修剪
百合花在开花后也要进行修剪，花谢后及时剪除掉开败后的残花，开花枝加以修剪，适当短截，如果开花枝还有其他开放的花朵，可等开花结束后再修剪。除了要剪除残花之外，还需去掉枯枝烂叶，减少养分的消耗，能利于下次开花。
三、剪后养护
百合花在修剪好之后，需保护好切口，避免切口沾水腐烂，防止细菌侵入伤口处。可放在光线好的位置，不能养在阴暗缺光的位置。周边温度保持适宜，温度保持在15-25℃左右。
四、注意事项
百合花在修剪时，要使用合适的工具，可用锋利的剪刀，提前消毒杀菌处理好，避免剪刀上的细菌侵入伤口处。修剪时要选择好时间，可选在晴天的早晨或者晚上剪，不要在阴雨天气修剪。
