原因一：残元政权的灭亡
1368年，享国运不足百年的元朝被朱元璋领导的起义推翻了，与辽、金、西夏等少数民族政权不同，末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，在中国完成了一次外来政权全身而退的“奇迹”。
原因二：永不停歇的战争机器，战争打的就是钱和粮
无论元朝是建立于1206年(蒙古汗国)还是1271年(国号大元)，到1368年灭亡之前，整个元朝没有战争记录的年份仅22年。
原因三：赋税繁重造成贪污腐败
元朝的赋税非常繁重，这更是促成贪污腐败的要素之一;
然而，更大的迫害是元朝的赐田制度，当时，蒙古大汗可以随时把汉族人视如生命的农田，连同农田上的汉族人，都赏赐给皇亲国戚，汉族人忽然间失去了农田，自己也忽然间从自由农民沦为农奴，没有地方可以申诉;
元朝严重的腐败使得各地农民起义迭起，势如破竹，仅山东、河北地区，就有三百余起农民暴动，蒙古统治者比鲜卑统治者的残暴程度更加严重。
原因四：内部夺权，暗争暗斗
原因五：群雄纷起争汗位
原因六：黄金家族的复辟
元朝灭亡的根本因素在于：
1、统治集团分裂，政治腐败，朝廷内部夺权斗争异常惨烈，对百姓横征暴敛，致使民不聊生。军队废弛，奸臣当道。
2、元朝是少数民族建立的王朝，对其他民族有不平等待遇，甚至是迫害。这又引起了其他民族，尤其是汉族人民的极大不满，从而纷纷揭竿而起。
元朝灭亡的直接原因：元末，连续出现的严重自然灾害造成经济崩溃，人们面对的不是因自然灾害而死就是被元朝欺压致死。因此许多人怀着拼死一搏的想法选择了起义，或许还有生的希望。此外，元朝等级制度也令百姓极度不满。
各地起义
从攻南宋以来，连年战争，加以宫廷廪禄、宗藩岁赐，都需要巨额经费来支持。忽必烈急于解决国用不足的问题，因而日益信用以“理财助国”邀宠的大臣阿合马、卢世荣、桑哥等人主持国政。至元七年至九年、二十四年至二十八年间，两次设尚书省综理财用。
尚书省的理财政策主要包括：增加税收、兴铁冶、铸农器官卖、“括勘”（追还被私人、寺院夺占的南宋公田，起征田赋）、“理算”（追征各地历年积欠的钱粮）、变更钞法等，使国家的收入显著增加。
但由于吏治腐败，专注搜刮，流于横征暴敛，成为阻碍社会经济发展的重要原因之一。同时，为了对外战争，打造东征海船，沿海和江南地区徭役征发日益加重。人民不堪沉重的封建剥削与压迫，纷纷起义。
至元二十年，江南各族人民起义凡两百余起，至元二十六年更增至四百余起。在这前后，爆发了广州欧南喜、黎德和福建黄华、钟明亮等人领导的几次规模较大的起义。
