2013年，男主角阿尔焦姆刚刚出生不久，核战争爆发了，只有少数人躲进了莫斯科地铁里，苟延残喘了下来。
20年后的一天，阿尔焦姆所居住的“国民经济成就展览馆”站遭到了大量变异生物的进攻，阿尔焦姆的继父的一个熟人——猎人来找阿尔焦姆的继父，认为这些变异生物是被一种叫做“黑怪”(Dark Ones)的新生物所驱使来进攻他们这个站的，阿尔焦姆的继父认为，“黑怪”是生物进化的新方向，是“新人类”(Homo Novus)，自己是打不过它们的;而猎人则坚持无论如何都要消灭“黑怪”，便自己出发了，临走时把一个挂坠留给阿尔焦姆，并对阿尔焦姆说，如果自己回不来，就去“城邦”(Polis)找一个叫米勒(俄语原版里叫梅利尼克)的漫游者(Ranger)，让他向城邦议会请求援助。
结果猎人没有回来，阿尔焦姆就瞒着继父，参加了一个商队，踏上了前往城邦的旅途。
历经千辛万苦之后，阿尔焦姆总算到了城邦，找到了米勒，米勒也答应向城邦议会提出援助“展览馆”站，没想到议会开了四个多小时的会后，决定不派援军，让阿尔焦姆大失所望。
米勒也很失望，但他说，不要灰心，他还有办法帮助阿尔焦姆，然后他谈到一个代号D6的军事设施，据说那里有能击败“黑怪”的武器，但是有关D6的资料在列宁图书馆里，于是米勒就派人和阿尔焦姆一起去列宁图书馆寻找有关D6的资料。
找到资料后，米勒的人跟阿尔焦姆一起进入D6，修复了里面的能量供应，最后跟阿尔焦姆一起登上奥斯坦基诺电视塔顶端，安放激光定位仪，指引导弹摧毁了“黑怪”的老巢——这是普通结局。
完美结局是：阿尔焦姆在最后终于理解了“黑怪”，了解到“黑怪”其实并不想与人类为敌，于是打坏了激光定位仪，让“黑怪”免于覆没。
