雪豹有两个亚种。在《世界哺乳动物手册》上，其亚种名分别为“U. u. uncia”和“U. u. uncioides”。前者分布于中亚及东北方的蒙古和俄罗斯，后者分布于中国西部地区和喜马拉雅山。雪豹在生物分类学上的定位，曾经为单独的一个属——雪豹属（Uncia），其种名为“Uncia uncia”。主要理由是其舌骨基本骨化，而豹属动物的舌骨中部为韧带性软骨。因此，雪豹不能像其他大型猫科动物一样发出低沉、强烈的吼叫，而只能嘶嚎。同时，雪豹与虎、豹等动物很难进行杂交，且没有产生过杂交种，而狮、虎、豹、美洲豹之间能够进行杂交，并有过杂交种的记录。2011年魏磊等人研究《豹属线粒体基因组分析》，发现狮是雪豹最亲的物种，而豹属是由虎、豹、雪豹、美洲虎、以及狮所构成，并主张将云豹属也归类于豹属。研究人员并发现，整个豹亚科（原文称之为豹属）是约在1130万年前与猫亚科动物分开演化，而雪豹与狮的演化分歧时间大约在463万年前，此时青藏高原正在隆起、成形中；在约260万年前，青藏高原的隆起进入第二阶段，形成更高海拔的高原，这段时期可能是雪豹演化成高原特有种的关键阶段；在约170万年前，原本分布于高原的雪豹开始往周围高地进行辐射扩散。
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