1、98版比86版的字根安排规范，拆分规范，但这些都不重要。因为所谓不规范的地方是针对学习者来说的，只要我们把这些不规范的地方挑出来，记住了。这个问题就解决了。
2、98版将简码设计得比较死板。98版打汉字，该汉字有简码的只能应用简码，而我们不可能记住那么多简码。这样打字时就不能象86版那样随心所欲，不能像86版可以轻松地打出每一个字，常常打不出，因为没有记住该汉字的简码，需要重新来输入该汉字的简码，不方便。所以现在98版的用户非常少。
3、对繁体汉字输入的支持：所有的繁体五笔输入法软件都是在86版的基础上编制的，也就是学会86版五笔后，需要输入繁体字便可以很快很轻松地掌握。而学会98版五笔的，还需要再学习86版五笔才可以输入繁体字。
4、学会86版五笔后，如果想学习98版五笔，只需要记住增加了几个字根和调换了几个字根的位置便可以掌握98版五笔了。所以想学习98版五笔，也可以先学习86版五笔，然后可以很轻松地过渡到98版五笔。
5、软件支持：所有的五笔输入法软件都是86版五笔，只有相当少的五笔输入法软件支持98版五笔。所以从应用的广泛和随意性来讲，学习86版五笔也比学习98版五笔在实际应用中要方便得多。
