影片主要讲述少年派的传奇故事。派的父亲开了一家动物园。因这样特殊的生活环境，少年派对信仰与人的本性自有一套看法。在派17岁那一年，他的父母决定举家移民加拿大以追求更好的生活。当天深夜在茫茫大海中，原本令派感到刺激无比的暴风雨一瞬间吞噬了货船的。派却奇迹般地活了下来，搭着救生船在太平洋上漂流，和一名令人意想不到的同伴——理查德·帕克，一只孟加拉老虎。
整部电影视觉效果十分炫目，镜头与情节的融合恰到好处，十分让人震撼。
电影开始，一位作家经过朋友介绍，来到派的家中向派询问他的传奇经历，故事在派的讲述下缓缓展开。派出生在法属印度，当地复杂的生活环境造就了派复杂的宗教信仰，他同时信奉基督教，印度教和伊斯兰教。派的父亲经营了一家动物园，但土地并不归属个人，派的父亲只拥有动物园里的动物。在前往加拿大的过程中，船沉了，派和一条鬣狗、一只斑马、一只母猩猩，以及理查德·帕克一起在救生艇上幸存了下来。但是很快鬣狗咬死了斑马和母猩猩，之后孟加拉虎又杀死了鬣狗。船上只剩下派和理查德·帕克。
派没有向命运低头，依靠船上原有的物资他只能坚持几天。他要收集淡水，捕鱼果腹，不仅要满足自己的需求，还要满足理查德·帕克防止自己被吃掉。风暴袭来，派保存在自制的小木筏上的资源全部都被卷走，在最终资源耗尽时，他们遇到了一个小岛，上面有淡水有食物，但休整后派却发现这是个食人岛，他带着一些食物和淡水再次和老虎一起开始了漂流，最后在一片海滩上获救，而理查德·帕克头也不会地走进了森林。
故事到这里只能说是平平无奇，一个略微有趣和荒诞的故事加上绚丽的画面，如果电影在这里就结束也许只能勉强上个7分。真正的点在电影结尾处的对话，一个被隐藏起来的另一个版本的故事。这是两个日本人来调查船只沉默原因时派讲述的。一个厨子、一个断腿的水手还有派和他的母亲。厨子杀死了水手，又杀死了派的母亲，最后派杀死了厨子，独自在海上漂流，最终获救。
《少年派的奇幻漂流》整部电影通过派的回忆，讲述了一个少年在经历了一场灾难之后在大海上的长达227天漂流的故事。在这个过程中，突显了派的心路化历程。
剧情中，主角派虽然拥有很多的信仰，但是他始终信仰着毗湿奴，而他一直都在寻找一种平衡，关于宗教和理性之间的平衡。当海难发生之后，老虎出现了，它其实隐喻内心中最本能或者是最原始的兽性。没有同情，没有怜悯
派与老虎的斗争过程正是神性与兽性、理性与本能之间的挣扎过程。他是一个素食主义者，但是他却为老虎捕鱼。在跟老虎相处的过程，他其实很害怕自己会成为这只老虎的盘中餐，所以不得不时时警惕着，一边是防御，一边却又不能放弃这个凶猛的野兽，若没有这野兽，或许他早就无法面对海上的一切未知的变数。
最后，派跟老虎相处得很和谐，或者说他成功驯服了他心中那一头凶猛的野兽，这也致使他内心深处的神性和兽性能够达到了和谐共处的状态。当达到墨西哥的海岸之时，老虎选择离开，这也象征着兽性在回归到人类生活之后，它会选择隐藏亦或者离开
