明末党争严重，东林党和阉党斗争激烈，当时，魏忠贤身兼秉笔太监和提督东厂的职务，被封为上公。位高权重，名满天下，生祠遍天下。京城的太学旁边，魏忠贤还享受着孔子的祀礼。
朱由检给魏忠贤安上一个“逆党”的罪名，撤销了他的全部职务。十一月初一，朱由检将魏忠贤贬往凤阳守墓。五天后，朱由检突然改变主意，下令将其处死。魏忠贤的朋友暗中派人日夜兼程，把这个消息告诉了赴凤阳途中的魏忠贤。魏忠贤于是在执行人员到达之前，先行自缢。此时，距朱由校去世还不到两个半月的时间。朱由检恨乌及屋。接下来，下令将魏忠贤的亲属和关系密切的朋友处死。
魏忠贤被处死，有的人拍手称快，有的人感到难以理解，有的人认为不那么恰当，有的人甚至为他鸣冤叫屈，什么观点都有。官员们的观点，有意无意地流露在奏疏当中。朱由检发现，同情魏忠贤和对处死魏忠贤一事说三道四的人还真的不少。他对此非常愤怒。但他不露声色，继续号召官员们畅所欲言，建言献策，深揭狠批魏忠贤的滔天罪行。他要引蛇出洞，看看究竟有多少人胆敢对他的决断说三道四。到时候他再一起收拾。
崇祯二年正月，朱由检开始了他的收拾行动——整肃“逆党”。
魏忠贤“逆党”案的案犯人数、案犯名单、罪名种类、量刑标准，悉由朱由检亲自敲定。史称“钦定逆案”。按照朱由检当初的要求，此案必须在几天之内处理完毕。由于办案官员不知道什么人是案犯，也没有掌握案犯的犯罪证据和线索，无从着手。办案官员蒙头瞎脑地办了几次，都不符合朱由检的要求，结果没有如期完成任务。但尽管如此，这个惊天大案，从正月廿四日立案，到三月十五日公布判决书，也只花了四十九天时间。“效率”之高，令人咂舌。
朱由检在三月十五日，发布了对“逆党”案的处理结果：
1.首逆 凌迟处死 魏忠贤，客氏
2.首逆同谋 死刑（立即执行）
崔呈秀，魏良卿，李永贞等五人（刘若愚不久改为斩监候，终被释放）
3.交结近侍 死刑（秋后处决）
刘志选，倪文焕，田吉，刘若愚等二十人
4.结交近侍次等 充军
阎鸣泰，魏广微等十一人
5.结交近侍又次等 徒三年贬为平民
顾秉谦等一百二十九人
崇祯二年三月，帝为诏书颁示天下。
魏忠贤逆案，首逆凌迟者二人：魏忠贤，客氏。
首逆同谋决不待时者六人：呈秀及魏良卿，客氏子都督侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚。
交结近侍待秋后处决者十九人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、薛贞、吴淳夫、李夔龙、曹钦程，大理寺正许志吉，顺天府通判孙如冽，国子监生陆万龄，丰城侯李承祚，都督田尔耕、许显纯、崔应元、杨寰、孙云鹤、张体乾。
结交近侍次等充军者十一人：魏广微、周应秋、阎呜泰、霍维华、徐大化、潘汝祯、李鲁生、杨维垣、张讷，都督郭钦，孝陵卫指挥李之才。
交结近侍又次等论徒三年输赎为民者：大学士顾秉谦、冯铨、张瑞图、来宗道，尚书王绍徽、郭允厚、张我续、曹尔祯、孟绍虞、冯嘉会、李春晔、邵辅忠、吕纯如、徐兆魁、薛风翔、孙杰、杨梦衮、李养德、刘廷元、曹思诚，南京尚书范济世、张朴，总督尚书黄运泰、郭尚友、李从心，巡抚尚书李精白等一百二十九人。
交结近侍减等革职闲住者，黄立极等四十四人。忠贤亲属及内官党附者又五十余人
