1、概念不同
今文学派是两汉间以儒家经书研究而形成的学派，它的出现需溯源至秦始皇的思想政策。今文经，则指汉初由老儒背诵，口耳相传的经文与解释，由弟子用当时的隶书(今文)记录下来的经典。
古文经学，是经学中研究古文经籍的学术流派。与“今文经学”相对。古文经，指秦始皇统一中国以前的儒家经书。
2、形成方式不同
今文经指汉初由儒生口传，并用当时流行的隶书记录下来的经籍。
古文经指汉代前期从民间征集或孔子故宅壁间所发现的用先秦古籀文字写成的经籍。
3、对孔子态度不同
今文经学认为六经皆孔子所作，视孔子为托古改制的“素王”；注重阐发经文的“微言大义”，主张通经致用；以董仲舒、何休等为代表，最重《春秋公羊传》。
古文经学崇奉周公，视孔子为“述而不作，信而好古”的先师；偏重训诂，与现实政治问题联系较弱；以刘歆、贾逵等为代表，最重《周礼》。
4、经典顺序不同
今文经学视孔子为教育家、思想家，所以将五经顺序定为《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》，由浅入深；古文经学视孔子为史学家，将五经顺序定为《易》、《书》、《诗》、《礼》、《春秋》，按时间顺序排列。钱穆先生认为今古文经学之争始于利益之争，当是定论之言。
5、兴盛衰落不同
汉武帝所立五经博士皆为今文经学，今文经学长期垄断汉代官学。后今文经学逐渐陷入了僵化和烦琐，且又与谶纬结合，流于妄诞，西汉后期见衰。
古文经学却不断发展壮大，王莽当政时一度得立学官，东汉后期逐成压倒今文经学之势。
汉末，古文经学家马融、郑玄兼采今、古文之说，今、古文之争遂息。至清代，今、古文经学之争再起，古文经学的治学路数为乾嘉学派和章太炎等所发扬，今文经学则为常州学派所复兴，并最终成为康有为推动变法维新的理论依据。
