首先草甘膦药液要大量地传导到杂草地下根茎组织，才能起到除草效果。这需要杂草有较多的叶片，在使用前若杂草面积小、光合作用不强则根部贮存的养分由下向上传导，此时用药则药液向下输入根部的量很少，起不到杀草效果。
而杂草生长的中后期，光合作用强，光合产物由上往下传导，此时用药效果最好。因此使用草甘膦最重一条就是选定最佳用药时期。
如用草甘膦防除玉米田杂草最好是在玉米苗高1.5米下部有2-3片老残叶，草高已达10厘米时施药为最佳。
其次是要讲究环境条件。在24-25度范围内，随着温度的升高杂草对草甘膦的吸收量增加一倍因此大气温度高比气温低时用药效果好。
空气相对湿度高可延长药液在植物表面的湿润时间有利于药物的传导；土壤干旱含水量少时不利于植物的新陈代谢，因而不利于药物在杂草中传导所以药效也下降。
第三关于草甘膦与其它除草剂混配的问题。有的农户想除多种草，为了节省用工，在使用草甘膦时任意加入其它除草剂，但其结果反而不好。
因为有些除草剂是不能与草甘膦混配的，如二甲四氯、克无踪等速效型除草剂是不能与草甘膦混配使用的，以免杂草地上部分过早死亡，丧失了对草甘膦的内吸传导功能。降低了草甘膦对地下杂草根茎的杀灭效果。但草甘膦中加入一些植物生长调节剂和辅剂可提高防效。
第四是选择最佳的施药方法。用药方法对草甘膦防除杂草很关键，因为在一定的浓度范围内浓度越高，喷雾器的雾滴越细，有利于杂草的吸收。
在浓度相同的情况下用量越多则除草效果越好。在草甘膦中加入0.1%的洗衣粉、或是每亩用量加入30克柴油均能增强药物的展布性、渗透性和粘着力，提高防效。
