三系法杂交水稻育种的过程较为复杂，以雄性不育系与保持系的选育过程为例：选育水稻雄性不育系首先要获得能稳定遗传的雄性不育株，其次要具有可以把雄性不育株的不育特性传递下去的保持材料，然后通过测交和连续成对回交，完成全部核置换之后就可以育成三系雄性不育系及其相应的同型保持系
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