农村自打水井遇到下雨天水会混浊，首先要查找是什么原因造成的，可能的原因有以下几点：
1.水井口低于地面或与地面一样平，下雨之后，路上的雨水夹杂着泥沙一起流进水井里了，井水肯定会混浊。
解决办法是把进口升高后，路上的水和泥沙就流不到水井了。
2.水井壁密封不好，下雨后外面的水渗漏进来。
解决办法是将井水抽出，用水泥浆或石灰浆将漏水的地方密封了。
3.水井没有盖子或遮雨棚，下大雨时，雨水会滴进水井，也会造成井水混浊。
解决办法就是弄个盖子盖在上面或者在井口搭个小棚子，就很好的解决井水混浊的问题了。
4.如果要尽快将井水变清澈，可以在水中加适量明矾，搅拌一下，就会好了。
我家在八十年代挖了一个深度差不多有十米的水井，从井底到地面的周围是用石头彻成井箍，每逢梅雨季节，只要蹲在井边就可以用锑桶装到井水。这个时候的井水并不是清澈见底的清水，而是带有黄泥水式的浑浊水。所以我认为您家的水井在下雨天，井水就变浑浊的原因也与我家的情况差不多。
用石头彻成的井箍不是井水变浑浊的主要原因，我所在村有的人家的水井也是用石头彻成井箍，若是周边的位置比较高，既使是下雨天，井水也不会浑浊。后来农村人挖的水井，水泥井箍替代了散石彻成的井箍，得到有效保护的水井很少受到地面浑水渗透的机率，井水变浑浊的现象要比以前少了很多，但是，当浑浊的地表水有机会渗到水井周边的时候，井水就会出现浑浊现象。
要解决自己挖的水井遇到雨天就变浑浊的办法，就要减少地面水渗进水井的机率，我认从以几点来做比较好：
首先，挖水井前选择一个较好的位置，从而减少了地面水流进、渗进水井的机会；
其次，用水泥井箍替代散石彻成的井箍，减少地面水进入水井的途径；
第三，当水井挖好后，井底铺一层石渣，铺上一层二十斤上下的木炭（炭窑烧的炭最好），再用一层石渣压住木炭。
第四，放入水井里的水管，进水口不能直接从管口进水，而是堵住水管的口径，在管口上方将近10厘米上下的位置开一个进水口，这样在抽水过程中就不会直接抽取井底最下方的水（长时间沉淀的井底会有泥浆），如此才能保证自家用水是清水。
第五，抬高地面的井沿防水圈，及时修补水井周边已经损坏的水泥保护层，以免地面浑浊水渗进水井里面。
第六，一旦发现井水经常浑浊，特别是晴天也出现浑浊井水的时候，说明井底的淤泥层已接近进水口，近期最好清洗一次水井。
最后，水井遇到下雨天就变浑浊，还有一种治标不治本的方法澄清浑浊井水，可以在浑浊的井水中加入一些明矾、漂白粉、食用级的聚合硫酸铝等物质，这样也可以得到澄清的井水了。
