在MBR硬盘中，分区信息直接存储于主引导记录（MBR）中（主引导记录中还存储着系统的引导程序）。
但在GPT硬盘中，分区表的位置信息储存在GPT头中。但出于兼容性考虑，硬盘的第一个扇区仍然用作MBR，之后才是GPT头。
跟现代的MBR一样，GPT也使用逻辑区块位址（LBA）取代了早期的CHS寻址方式。传统MBR信息存储于LBA 0，GPT头存储于LBA 1，接下来才是分区表本身。64位Windows操作系统使用16,384字节（或32扇区）作为GPT分区表，接下来的LBA 34是硬盘上第一个分区的开始。
苹果公司曾经警告说：“不要假定所有设备的块大小都是512字节。”一些现代的存储设备如固态硬盘可能使用1024字节的块，一些磁光盘（MO）可能使用2048字节的扇区（但是磁光盘通常是不进行分区的）。一些硬盘生产商在计划生产4096字节一个扇区的硬盘，但截至2010年初，这种新硬盘使用固件对操作系统伪装成512字节一个扇区。
使用英特尔架构的苹果机也使用GPT。
为了减少分区表损坏的风险，GPT在硬盘最后保存了一份分区表的副本。 简单点说MBR格式硬盘扇区大小为512字节，GPT要大得多，1024-4096都可以。
在磁盘上创建分区时，必须在mbr和gpt之间选择一个适当的分区管理方式。mbr最大支持2tb磁盘，支持最多4个主分区。gpt意为guid分区表，磁盘驱动器容量几乎不限制，支持几乎无限个分区数量，只限于操作系统如windows支持最多128个gpt分区。推荐使gpt对磁盘进行分区，这是趋势，因为所有计算机系统都在向其转向。使用传统bios的计算机上启动windows，只有使用mbr.
