一般来说,大部分企鹅都是两性孵卵。在成功卵后,雌鸟会离群到海洋觅食,然后回来替换雄鸟,时间大概约10~20天,这个过程中,以后便以一两周为期互相轮换。而帝企鹅是由雄鸟负责孵化任务,在南极严冬,雄帝企鹅会紧紧互相依靠,每个雄帝企鹅都会将卵置于足上孵化,并靠体内储存的脂肪生活;雌性帝企鹅产卵后需要经历跋涉,从鸟群到海洋需要走80~160公里,经历约64天孵卵期之末才能返回与雄性企鹅交接。
一般来说,能成功孵化的雏鸟为产卵总数的40-80%,恶劣的气候条件、天敌等因素都会制约雏鸟生死存亡。企鹅幼雏从卵壳孵出需1~2天,孵出后即有取食行为,会把嘴放入亲鸟口腔。开始时,幼鸟需要寻求庇护,藏在亲鸟身下;逐渐长大之后,幼鸟才逐渐离开亲鸟,但仍会停留在亲鸟体侧。幼鸟从孵化到完全独立的期限,在较小的种要2个月,帝企鹅需5个半月,王企鹅12-14个月。半成熟的幼雏会成大群由成鸟照管,如在“托儿所”内一般。