综合电子信息系统由预警探测系统、情报侦察系统、指挥控制系统、通信传输系统、导航定位系统、电子对抗/信息战系统和其他信息系统等多种功能信息系统组成。这些功能信息系统将完成战略威慑、指挥控制、防空反导和精确打击等多种作战使命和任务。
各种综合电子信息系统的使命不同，其功能组成也不完全相同。预警探测系统包括陆基、海基、空基、天基预警探测装备；情报侦察系统包括陆基、海基、空基、天基情报侦察装备；指挥控制系统包括国家最高指挥机构和战区/军区，各军种、兵种及总部相关部门指挥控制系统（含战略级、战役战术级和战术级指挥所等）；
通信传输系统包括国家骨干、战区/军区、战役战术通信传输装备及战术数据链装备；导航定位系统包括陆基、海基、空基、天基导航定位装备；电子对抗/信息战系统包括战略电子对抗/信息战装备，军种、兵种电子对抗/信息战装备，战区/军区电子对抗/信息战装备，战役战术电子对抗/信息战装备。
综合电子信息系统不是多种信息系统的简单堆积，而是为达到全军信息系统整体作战能力最大和信息资源配置最优，必须自上而下进行整体论证，采用信息系统综合集成技术，包括系统的分解、设计、仿真、生产、集成、新技术嵌入等。
综合电子信息系统由预警探测系统、情报侦察系统、指挥控制系统、通信传输系统、导航定位系统、电子对抗/信息战系统和其他信息系统等多种功能信息系统组成。
