农村房屋边界纠纷处理方法如下：
协商解决 。当事人可以协商解决，当事人之间自行通过沟通、谈判达成共识，解决纠纷。
行政解决 。当事人可以请求乡级人民政府或者县级以上人民政府处理，对处理决定不服的，可以向法院起诉。
司法解决 。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
农村房屋边界纠纷是一个常见的问题，通常涉及宅基地、耕地等相邻权。处理这种纠纷的方法有：
1. **双方协商**：首先，当事人双方应尊重历史，互相谦虚，依据法律、法规规定和合同的约定，直接进行磋商，自行解决争议。这是解决纠纷最基本、最有效的方法。
2. **行政调解**：如果当事人协商不成，可以申请人民政府国土资源行政主管部门进行调解。
3. **人民政府处理**：人民政府会进行所谓的行政处理，对纠纷进行调查和裁决。
4. **诉讼**：如果上述方法都不能解决问题，任何一方都可以向法院提起诉讼。法院的判决结果是具有强制力的。但在当事人之间存在宅基地使用权争议的情况下，如无宅基地使用权证或宅基地使用权证界限不明或者界限重合，这些情形即属于宅基地权属不清。针对权属问题引发的争议，当事人双方首先应协商解决，如协商不成必须先由人民政府对双方争议的地界作出确权处理决定，未经政府处理前，当事人不能向人民法院提起诉讼。
在处理农村房屋边界纠纷时，应确保遵循相关法律法规，避免损害国家、集体利益和个人权益。
