保温大棚法 ：将种草按每平方米20从连根移栽到塑料大棚内，草根间用泥土覆盖，然后浇足水。日常管理重点是通风、保温，控制棚内温度在 5～ 15℃ 内、相对湿度在 80％～ 90％。此种方法投资大，越冬效果最佳，适宜大规模保种采用。
冬季扦插育苗法：当年11月将扦插育苗地翻犁、整平、开畦、畦与畦之间留沟40cm左右，作为水沟和工作道。然后将种茎两芽一节斜切，芽眼上部留短，下部留长，斜插入畦土内，株距5－6cm，用水浇湿透后覆盖地膜，并在地膜上面用竹条拱盖一层厚膜，保持温度在12℃以上，当温度超过25℃时需要揭膜通风，低于20℃需盖膜，直到翌年2月下旬，待长出2－3片叶子后，即可移栽。该方法适宜大面积推广采用，不仅为来年赢得时间，还可以降低用种量。
地窖贮藏法 ：选择地势较高处（地下水位低于 120cm），挖掘地窖，深度 60 ~ 80cm，四周挖设排水沟，将草种于根部割断后，分3层堆埋于窖内，上面用泥土覆盖50cm，再用遮阳网覆盖，并用玉米秸秆设置通气孔。将巨菌草茎秆尖上面留50cm左右叶子，以50根一捆，直接放入地窖，对较长的植株可将其砍成两段，用塑料薄膜包扎捆好，再放入地窖保存，直到翌年3月后，再切成两芽一节，用于栽培。该方法投资少，管理简单，适宜农户小面积种植采用。去尖梢叶片扎捆茎杆呈平排型顺窖的长度排架于枕木上。头梢与蔸部交替排放。堆的厚度一般在40cm为宜呈中间高、两边低的脊梁型堆放。巨菌草需留作种用的一定是成熟的老茎杆，受过霜冻损坏的茎杆、收割时损伤芽胞茎杆和扭曲开裂的茎杆均不能作种保存。茎杆的顶端只能去掉叶片，不能过多砍掉茎梢，入窖时要轻放，不能上人踩，防止茎杆断裂，影响草种发芽。如遇雨雪天气要勤检查，防止雨水浸入窖内，导致霉烂。来年春天开窖起种时如有发芽的定要轻拿轻放，不能损伤己发芽的嫩芽，否则下种后将不在发芽生长。
覆盖干草具有保暖、吸收水分、保持窖内温度和防止碎土落于茎杆上的作用。方法和顺序是在堆放的茎上覆盖干稻草3~5cm,覆盖均匀后山两边向中间覆碎土5~l0cm,覆上厚度视气温高低而定。霜冻严重的地区可盖厚一些，反之可薄一些，插入的透气秸需露出覆上而30~40cm高，用于通风换气。四周修好排水沟，防止雨水流入窖内。 每隔一米呈梅花状直插一捆玉米秸秆作透气孔，保证贮存茎杆在窖内呼吸，是防止霉烂烧窖的关键措施。堆放的厚度不宜超过50cm，过厚容易造成烧窖或霉烂，过薄不能充分利用上窖则费工费时。开窖时首先去掉覆土和盖草。如贮存的茎杆呈青黄色。芽胞呈白色。即可发芽留作种用。如芽胞变成黑黄色就不会发芽再生。育苗时从每节之间切断，断端用草木灰或生石灰消毒后即可植入苗池内。
室内移栽法：将草种捆扎紧后，连根带土移栽到直径 50cm、深 50cm 的陶钵 及塑料桶内，用土夯实后浇足水，存放到背风房屋内，定期观察、浇水，保持适宜湿度。
农膜覆盖法：将整株草种成捆成行直接放置田间，浇适量的水，先用稻草覆盖后，再用农膜将草种植株一起覆盖好。
室内泥土覆盖法 ：在房屋内堆放泥土 30cm 高，将刈割后的草种连根堆放土上，草种高度 30cm，然 后用泥土完全覆盖20cm，共堆放 3层，每层浇适量的水。
