蜕皮动物包括如下门：节肢动物门、有爪动物门、缓步动物门、动吻动物门、鳃曳动物门、铠甲动物门、线虫动物门和线形动物门；其它一些门类，比如腹毛动物门，曾被认为可能是其中的一员，但因其缺乏蜕皮动物的主要特征，现在通常被划出。泛节肢动物的共同特征是具有分节的身体，原来以为由环节动物演变而来，而与其一起组成分节动物(Articulata)。然而它们并不具有太多的共同特征，现在看来他们分别演化出了分节的特点。此外，从18S 核糖体RNA树来看，后口动物中的毛颚动物门可能与其余后口动物不同而属于蜕皮动物。蜕皮动物中不属泛节肢动物的成员曾经被组成环神经动物(Cycloneuralia)，但通常被认为是并系群。
蜕皮动物为总门，包含9门：
叶足动物门(Lobopodia)：奇虾 欧巴宾海蝎 微网虫 埃谢栉蚕 怪诞虫等等。
节肢动物门(Arthropoda)：蜘蛛，蜈蚣，蝉等。
有爪动物门(Onychophora)：毛虫等。
缓步动物门(Tardigrada)：水熊虫，缓步虫等。
动吻动物门(Kinorhyncha)
鳃曳动物门(Priapulida)
铠甲动物门(Loricifera)
线虫动物门(Nematoda)：钩吻球颈线虫，人蛔虫等等。
线形动物门(Nematomorpha)：钧虫、丝虫、轮虫、棘头虫等等。
