三省六部制能取代三公九卿制，是因为加强了皇权。
1.三公和九卿以及列卿等，都各有自己的府寺，以处理日常事务。大事总汇于丞相，或最后请皇帝裁决。这在一定程度上加强了相权，削弱了皇权。
2.三省六部制使封建官僚机构形成完整严密的体系，提高了行政效率，加强了中央的统治力量。使宰相的权力——分为三，三省长官的品级又较低，这就削弱了相权，加强了皇权。
3.三公九卿制影响着三省六部制的结构，中国古代官制也一直是皇权与相权的争夺，一直到明朝朱元璋废三省，六部直接受皇帝领导，才达到皇权的高度统一。
三省六部制，职权有了明确的划分，相互分工合作，提高了工作效率和加强了政府之门，同时各部门之间也有牵制监督，比以前的制度严密多了，对于稳定政局、维护统一都起到了积极作用。
三省共同执行丞相的职责，起到了削弱相权，加强君权的作用。三省六部制是中国古代相当完备的政治制度，对后世影响深远。 由上我们可以知道三省六部制是在三公九卿制的基础上发展而来的。随着新的政治体制的建立，旧的三公九卿制发生了根本的变化，秦汉九卿之政务职能由六部取代,九卿之事务职能仍归各寺、监执掌。三省六部制也是在不断的变化着，但此后历朝是基本沿袭这种制度的。
不论是三公九卿制还是三省六部制都是我国古代的政治制度和政治文明，充分体现了古代先人们的聪明与才智。
