不同的肉类需要不同的杀菌时间，但一般来说，煮肉的时间并不能完全杀菌。
高温蒸煮杀菌是一种常用的杀菌方式，一般杀菌温度超过100℃，杀菌时间10-45分钟不等，是目前肉制品行业使用较多的一种杀菌方式，杀菌比较彻底，杀菌后可常温储存，但对肉制品的风味、口感影响较大。如常见的酱鸭、卤猪蹄等。另外，高温蒸煮杀菌肉制品所使用的包装材料必须具有一定的耐高温性。
低温杀菌（巴氏杀菌）一般杀菌温度低于100℃，杀菌时间一般为几分钟到十几分钟，对肉制品的口感、风味保存较好，但还残留部分耐热性微生物，故保质期一般较短，杀菌后需要低温保存。如需低温储存的香肠等。
辐照杀菌的辐照剂量一般低于10kGy，能保持肉制品良好的色泽、外形和感官，且杀菌效果良好，如辐照杀菌的凤爪。辐照杀菌的肉制品需在食品名称附近做出标示。另外，辐照杀菌是否会影响外包装袋的性能还有待验证。
总的来说，煮肉的时间并不能完全杀菌，不同的肉类需要不同的杀菌方式。
对于牛肉、羊肉和其他红肉来说，生熟的区分非常重要。因为这些肉类在生食时可能携带细菌，如沙门氏菌、大肠杆菌和脑膜炎球菌等。在煮食时，生肉应该先在沸水中烫熟，然后再用较高温度的烹饪方法烹制。根据食品卫生标准，这些肉类在烹调前的预处理时间应该至少为5分钟。
