硝化菌最好的滤材有生化棉、陶瓷环、细菌屋。其中陶瓷环是比较经典的，属于多孔结构，不仅可以培养硝化菌和一些益生菌，还可起到净化水质的作用，像氨、亚硝酸盐等
滤材是培养硝化细菌的主要工具。菌附着在细菌屋或陶瓷中不断繁殖，维系水质状态，才有了清澈的鱼缸跟悠闲生活的鱼儿。一旦滤材出现问题，会直接给硝化系统以毁灭性打击。滤材的质量，以及使用周期的把握并没有固定的时间限定。而很多人也对这方面模棱两可。因此导致硝化系统崩溃真的不冤。
滤材的种类大概分三种，以物理过滤为主的滤棉、以生化为主的陶瓷环、细菌屋等，以其他特殊功能为主的珊瑚骨、活性炭等。
一般滤棉的更换周期受鱼便以及食物残渣的数量影响，基本一周就要观察一下。而如果用了干湿分离，恐怕两三天就要看看要不要更换过滤棉。
特殊性的滤材不作讨论，它们是滤棉或者生化滤材的补充，本身有特殊的使命，有一些根本不能长期放在过滤中，具体更换或移除的周期要根据鱼缸的实际需求而定。
而生化滤材是才是培养硝化细菌的主要场所。很多鱼友放入生化滤材后几乎不去管，有的一放就是一年，等鱼缸出问题了才想到生化滤材是不是也需要更换。
正常情况下，像细菌屋这种滤材，清洗周期大概是半年时间，每次清洗量控制在1/3左右，防止全部清洗期间，造成鱼缸中硝化细菌十不存一，最终让有害菌有机可趁，危及观赏鱼生命健康。
